Ada beberapa kendala yang biasanya dialami pihak rumah sakit dalam menerapkan Sistem Informasi Manajemen Rumah Sakit (SIMRS), diantaranya adalah :

1. Sumber Daya Manusia (SDM) tidak siap.

Seringkali ditemukan SDM sebagai user SIMRS tidak siap ketika adanya perubahan kebiasaan dari manual ke komputerisasi. Karena dengan demikian user tersebut harus beradaptasi terhadap prosedur baru, harus bisa menggunakan komputer, bekerja secara sistematis, dan setiap aktifitas di sistem termonitor secara otomatis.

2. Software tidak memenuhi requirement

Ada baiknya sebelum membeli software rumah sakit, pihak rumah sakit membuat terlebih dahulu apa saja kebutuhan rumah sakit terhadap SIMRS. Sehingga dapat memilih software yang tepat dan sesuai dengan kebutuhan. Karena seringkali pihak rumah sakit gagal dalam penerapan SIMRS karena software yang telah dibeli tidak sesuai dengan kebutuhan rumah sakit, baik dari sisi bisnis proses ataupun pelaporan.

3. Rumah sakit tidak membatasi cakupan sistem

Membatasi cakupan sistem yang diterapkan sangat penting bagi pihak rumah sakit. Karena kebutuhan SIMRS untuk rumah sakit yang satu dengan yang lain pasti berbeda-beda. Untuk rumah sakit yang baru menerpakan SIMRS, sebaiknya membatasi dulu cakupan software rumah sakit atau SIMRS yang akan di implementasikan. Penerapan SIMRS pun sebaiknya dilakukan bertahap, jika modul yang satu sudah berjalan dengan baik, barulah masuk ke modul berikutnya.

4. Hardware sudah kadaluarsa

Hardware memiliki peranan yang besar terhadap aksesibilitas software. Semakin tinggi spesifikasi hardware, maka akan semakin baik aksesibilitasnya terhadap software yang di-install di perangkat tersebut. Jika hardware sudah tidak handal, ada baiknya pihak rumah sakit untuk melakukan up-grade terhadap hardware tersebut. Karena hal ini dapat mengganggu kenyamanan user dalam menggunakan software.

5. Tidak adanya layanan purnajual dari supplier hardware dan software

Ketika terjadi masalah terhadap hardware atau software yang digunakan, pastikan pihak rumah sakit masih mendapatkan layanan purnajual dari supplier hardware dan software tersebut. Sehingga ketika terjadi masalah terhadap hardware dan software, supplier masih bertanggungjawab untuk memperbaikinya (selama masa garansi).